A Procuradoria do INEA é órgão de controle, consultoria e assessoramento jurídico do Conselho Diretor, e como órgão integrante do sistema jurídico estadual, está vinculada à Procuradoria Geral do Estado do Rio de Janeiro.
Atua com especialização e se divide em três gerências: Gerência de Direito Ambiental, para consultas de ordem jurídica sobre a legislação ambiental, Gerência de Contratos, para as questões da administração pública em geral (contratos, licitações), e Gerência de Contencioso, que presta auxílio nas relações institucionais do INEA perante os órgãos do Sistema Jurídico Estadual, Poder Judiciário, Defensorias Públicas e, ainda, Delegacias de Polícia Estadual e Federal.
As atribuições institucionais estão estabelecidas nos artigos 31 a 35 do Decreto Estadual n.º 41.628/09, das quais destacamos o controle de legalidade dos atos do Instituto e o assessoramento interno em questões de cunho jurídico, por meio de pareceres pertinentes ao licenciamento ambiental, gestão de recursos naturais, usos de recursos hídricos e espaços territoriais especialmente protegidos, licitações e contratações, dentre outros assuntos relacionados à administração pública.