A Lagoa de Piratininga localiza-se na região das Praias Oceânicas de Niterói, na costa leste da Baía de Guanabara. Possui uma área de 2,87 Km2, profundidade média inferior e 0,6m, atingindo em poucos trechos 1,5m. Possui três ilhas: a do Pontal, ao Norte, a do Modesto, a Leste e, uma terceira ilha a Oeste, onde havia a ligação natural com o mar, cuja abertura da barra de areia se dava de forma natural e intermitente.

A Lagoa de Piratininga liga-se à de Itaipu pelo canal artificial do Camboatá, construído em 1946. A construção do canal do Tibau em 1979 pela Veplan,garantiu a manutenção da comunicação entre a Lagoa de Itaipu e o mar. A lagoa de Piratininga tem como principais tributários o rio Jacaré, de maior vazão, e o rio Cafubá.

As Lagoas de Piratininga e Itaipú, como outras lagoas costeiras fluminenses, vêm sofrendo crescente processo de alteração de suas características morfométricas e biológicas. Com a construção do canal do Tibau, Piratininga passou a sofrer um intenso processo de drenagem de suas águas, provocando redução da lâmina e do espelho d’água. O processo de degradação foi acelerado nos anos setenta, a partir de 1978, quando um projeto de loteamento conduzido pela Veplan Imobiliária, promoveu total alteração na região.

Em virtude da abertura dos dois canais, as águas da lagoa de Piratininga sangram permanentemente para a de Itaipu e, daí para o mar. Somente nas ocasiões de maré alta observa-se um fluxo no sentido contrário, entretanto insuficiente para renovar as águas da lagoa de Piratininga.

A região marginal sofreu com aterros e construções, perdendo a cobertura original de Restinga, já quase totalmente extinta. Registram-se remanescentes de Manguezal (mangue-siriúba). Atualmente a Lagoa de Piratininga encontra-se impactada por lançamento de esgotos, assoreamento e aterros para expansão imobiliária.

Lagunas costeiras caracterizam-se pela acumulação de matéria alóctone, proveniente da atmosfera, rios, água subterrânea, em decorrência de seu confinamento. Dessa forma, frequentemente a regeneração da matéria é eficiente, quase sempre, garantindo alta produtividade primária. As macroalgas são os principais produtores primários na Lagoa de Piratininga, o que certamente se explica pela pequena profundidade e disponibilidade da luminosidade na coluna d’água.

Por serem rasos, a influência do sedimento é determinante, em prover nutrientes e também em promover turbidez no ambiente limnético, favorecidos ainda pela ação de centos costeiros, tais características são particulares na lagoa de Piratininga onde processos antrópicos reduziram sua profundidade e a regeneração de nutrientes ocorre principalmente na interface água/sedimento.