O complexo lagunar de Jacarepaguá fica no município do Rio de Janeiro e é formado por três lagoas principais: Tijuca, Jacarepaguá e Marapendi, e a de Camorim, situada entre as lagoas da Tijuca e de Jacarepaguá.
 
O divisor de águas da bacia de drenagem do sistema é estabelecido pelas linhas da crista dos Maciços da Pedra Branca e da Tijuca. Com cerca de 280 Km² de área, a bacia hidrográfica do complexo lagunar de Jacarepaguá é composta por diversos rios que descem as vertentes dessas montanhas e deságuam nas lagoas, que por sua vez se ligam ao mar pelo canal da Barra da Tijuca (ou canal da Joatinga), permitindo a troca de água com o mar.
 
Os rios e canais da bacia contribuinte do Sistema Lagunar de Jacarepaguá são classificados para preservação de flora e fauna e uso estético (Diretriz da extinta Feema nº. 109).
 
Os sistemas lagunares são ambientes tipicamente de deposição e sedimentação e geralmente submetidos a forte estresse, em função das diversas atividades humanas concentradas nas áreas costeiras.
Dentre as principais atividades que geram impacto negativo, verifica-se o lançamento de despejos de origem doméstica, que vem acelerando o processo de eutrofização desses corpos d’água.
 
Apesar do sistema de esgotamento sanitário da Barra e Jacarepaguá já se encontrar implantado em grande parte da região e ligado ao Emissário da Barra, o complexo Lagunar de Jacarepaguá ainda se encontra em processo adiantado de degradação em função das descargas realizadas por diversas atividades existentes naquela região, especialmente hotéis e condomínios, já implantados ou mesmo em construção.
 
Os resultados do monitoramento realizado nas águas da Lagoa de Marapendi pelo INEA, através da Gerência de Qualidade de Água – GEAG e Gerência de Laboratórios – GELAB vêm demonstrar essa condição.
 
Foi realizado entre 2008 e 2010 um extenso trabalho de vistoria da região pelo INEA, CEDAE e CICCA (Coordenadoria Integrada de Combate aos Crimes Ambientais) que conduziram a esta ação.
 
Entretanto, permanece lançamento nas lagoas, conforme atestam os resultados das análises realizadas na saída da galeria de águas pluviais locais, que apontam níveis elevados de matéria orgânica.
 
Mensalmente é elaborado um BOLETIM do sistema lagunar, que leva em consideração os principais parâmetros fisico-quimicos, bacteriológico, a comunidade fitoplanctônica e ainda o risco de consumo do pescado
 

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