Integram o Sistema Estadual de Gerenciamento de Recursos Hídricos os organismos dos poderes públicos federal, estadual e municipal cujas competências se relacionem com a gestão dos recursos hídricos.
A principal forma de participação desses órgãos é por meio dos Comitês de Bacias Hidrográficas, onde possuem assento como conselheiros.

A nível municipal usualmente os órgãos representantes são as Secretarias Municipais de Meio Ambiente, os Conselhos Municipais de Meio Ambiente e demais órgãos relacionados a área de recursos hídricos.
A nível estadual, o INEA, a Secretaria de Estado do Ambiente e demais órgãos de outras secretarias relacionadas, como a EMATER e o DRM.