A estrutura do Inea é composta pela presidência e por seis diretorias, cujos titulares compõem o Conselho Diretor, liderado pelo presidente da instituição.

Diretorias:  de Licenciamento Ambiental – Dilam; de Pós-Licença – Dipos;  de Recuperação Ambiental – Diram;  de Biodiversidade, Áreas Protegidas e Ecossistemas – Dibape;  de Segurança Hídrica e Qualidade Ambiental – Diseq; e  de Gente e Gestão – Digges). Fazem parte ainda  a Procuradoria, Ouvidoria, Auditoria, Corregedoria, Superintendências Regionais, além das unidades especializadas incumbidas de diferentes funções.

Cada Diretoria conta com o apoio de uma Diretoria Adjunta, cujo cargo só pode ser ocupado por um servidor efetivo do Inea.

Sobre estrutura organizacional: Regulamento e Estrutura Organizacional: – Estabelece o novo regulamento e a estrutura organizacional do Instituto Estadual do Ambiente – Inea, criado pela Lei nº 5.101, de 04 de outubro de 2007, e dá outras providências.

Sobre a criação do Inea: Lei nº 5101 de 04 de outubro de 2007 – Dispõe sobre a criação do Instituto Estadual do Ambiente – Inea e sobre outras providências para maior eficiência na execução das Políticas Estaduais de Meio Ambiente, de Recursos Hídricos e Florestais.