O Inea é o órgão responsável pela gestão dos recursos hídricos no Estado do Rio de Janeiro, implementando a Política Estadual de Recursos Hídricos. Suas ações incluem o planejamento, a regulação e o controle do uso dos corpos d’água, por meio do cadastro de usuários e da cobrança pelo uso da água. Além disso, o Inea realiza o monitoramento da balneabilidade de praias e da qualidade da água de corpos hídricos, analisando amostras em seus laboratórios e divulgando boletins para a população.

O monitoramento hidrometeorológico subsidia o Sistema de Alerta de Cheias, auxiliando na previsão de chuvas intensas e riscos de inundações. Além da gestão hídrica, o órgão atua no controle da qualidade do ar, monitorando as emissões atmosféricas e gases do efeito estufa (GEE), além de desenvolver programas de controle da poluição atmosférica.

No que diz respeito ao uso e à ocupação do solo, o Inea é responsável pela identificação e cadastro de áreas contaminadas, seguindo a recomendação da Resolução Conama nº 420/2009 quanto à divulgação dessas informações.