O complexo de laboratórios do Inea conta com 3.200 m² de área construída, está em funcionamento desde a inauguração em 1982 e está localizado na Barra da Tijuca, na Zona Oeste da capital. Ele é capaz de realizar ensaios microbiológicos, físicoquímicos, ecotoxicológicos, biológicos, orgânicos e de metais em diversas matrizes ambientais (água doce, água salgada, efluentes, solo, sedimento) para a realização do monitoramento sistemático das praias, corpos hídricos e efluentes, além de atender a pedidos do Ministério Público e outros órgãos, fiscalização e emergências ambientais.

Desde a criação do órgão, passos decisivos foram dados para a modernização das atividades de coleta e análise de amostras ambientais que envolveram não apenas investimentos em novos e modernos equipamentos, mas também a obtenção junto à CGCRE/Inmetro da Acreditação de Qualidade da Gerência de Análises Laboratoriais (GERLAB) e das atividades de Amostragem, de acordo com os requisitos da Norma ABNT NBR ISO/IEC 17025.

Desde 2016, o Inea vem, periodicamente, sendo submetido à auditoria externa pelo Cgcre, recebendo e mantendo assim o selo de acreditação (Acreditado pela Coordenação-Geral de Acreditação do Inmetro para ensaios sob número CRL 1103). Destaca-se ainda que, atualmente, o Inea faz parte da RBLE (Rede Brasileira de Laboratórios de Ensaios), que representa o selo de qualidade de execução de ensaios de forma a garantir uma maior confiabilidade, exatidão, precisão e rastreabilidade dos resultados dos ensaios realizados, elevando a imagem do órgão a nível internacional.